Arıcı: Ölüm Kovanı 2, geçmişte görev yaptığı gizli örgütün tehlikeli planlarını durdurmak için yeniden harekete geçen eski özel servis ajanı Adam Clay'in ölümcül mücadelesini konu ediyor. Bir zamanlar devlet adına son derece gizli ve tehlikeli operasyonlar gerçekleştiren Adam Clay, yaşadığı olayların ardından geçmişini geride bırakarak sakin bir hayat sürmeye çalışmıştır. Ancak masum insanları hedef alan büyük bir dolandırıcılık ağını ortaya çıkarması ve bu örgütün arkasındaki güçlü isimlerle hesaplaşması, onu yeniden karanlık dünyanın içine sürükler. İlk filmde yaşananların ardından artık aranan bir adama dönüşen Clay, kendisine yapılanların hesabını sormaktan ve adaleti kendi yöntemleriyle sağlamaktan vazgeçmez. Üstelik bu kez karşısındaki tehdit, geçmişte mücadele ettiği suç örgütlerinden çok daha tehlikelidir. Bir zamanlar kendisinin de üyesi olduğu, masum insanları korumak ve toplumsal düzeni tehdit eden güçlere karşı mücadele etmek amacıyla kurulan gizli Beekeeper örgütü, kontrolden çıkarak kendi amaçları doğrultusunda hareket etmeye başlamıştır. Sahip olduğu geniş istihbarat ağı, gelişmiş operasyonel imkanlar ve ölümcül eğitimlerden geçmiş ajanlarıyla son derece güçlü bir yapıya dönüşen örgüt, Amerikan hükümetinin kontrolünü ele geçirmeyi hedefleyen büyük bir planın parçası haline gelir. Yıllarca bağlı olduğu teşkilatın artık korumakla yükümlü olduğu değerlere karşı hareket ettiğini öğrenen Clay, bu tehlikeli girişimi engellemek için yeniden mücadeleye atılmak zorunda kalır. Ancak karşısında sıradan suçlular değil, kendisiyle aynı yöntemleri bilen, benzer eğitimlerden geçmiş ve onun nasıl hareket edeceğini öngörebilen profesyonel ajanlar bulunmaktadır. Geçmişte birlikte çalıştığı insanlarla karşı karşıya gelmek zorunda kalan Clay, bir yandan örgütün gerçek hedeflerini ortaya çıkarmaya çalışırken diğer yandan kendisini etkisiz hale getirmek isteyen ölümcül düşmanlarla mücadele eder. Her adımında daha büyük bir komplonun izlerine rastlayan eski ajan, karşı karşıya olduğu tehlikenin yalnızca kendi hayatını değil, ülkenin yönetimini ve sayısız masum insanın geleceğini de tehdit ettiğini fark eder. Artık güvenebileceği insanların sayısı giderek azalırken geçmişinden gelen bağlantılar, eski hesaplaşmalar ve yeni düşmanlar Clay'in önündeki engelleri daha da büyütür. Bir zamanlar parçası olduğu sistemi içeriden tanıması ona önemli bir avantaj sağlasa da örgütün sahip olduğu güç, bu mücadeleyi şimdiye kadarki en zorlu görevlerinden birine dönüştürür. İhanet, intikam ve güç mücadelesinin iç içe geçtiği bu tehlikeli süreçte Adam Clay, yalnızca hayatta kalmak için değil, bir zamanlar inandığı değerleri korumak ve kontrolden çıkan örgütü durdurmak için de savaşmak zorundadır.